重庆是长江上游乃至中国西部最大的内陆港口城市，也是长江上游航运中心。域内长江、嘉陵江及其支流形成了以重庆市区为中心的长江上游水运网，通航河流达136条。沿江建有万州、涪陵等港口和客货码头数十个，千（万）吨级轮船可终年通航。1926年至1934年，重庆两江沿岸共有渡船码头40个；1935年，先后修建了江北、千厮门、太平门、飞机坝、金紫门、储奇门码头。

　　截至2016年，重庆“一干两支十线”航道体系和“四枢纽九重点”现代化港口集群建设加快推进，重庆航道里程4472千米，其中四级以上航道1400千米；建成投用全国最大铁公水联运枢纽港（重庆果园港），龙头港建成开港。